《金融违法行为处罚办法》规定，商业银行为证券、期货交易资金清算透支或者为新股申购透支的，应当进行以下处理:

A、给予警告，没收违法所得，并处违法所得1倍以上5倍以下的罚款，没有违法所得的，处10万元以上50万元以下的罚款
B、对该商业银行直接负责的高级管理人员给予开除的纪律处分，对其他直接负责的主管人员和直接责任人员给予撤职直至开除的纪律处分
C、情节严重的，责令该金融机构停业整顿或者吊销经营金融业务许可证
D、构成非法经营罪、违法发放贷款罪或者其他罪的，依法追究刑事责任